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Elle s'est donnée pour mission de lutter contre les maladies infectieuses affectant les pays en développement par le renforcement des capacités locales en biologie.
Son action s'articule autour d'axes prioritaires : le renforcement des infrastructures de santé, la formation et le partage de connaissances, la recherche appliquée et le soutien aux patients.
Elle est aujourd'hui présente au Mali, au Cambodge, au Laos, en Haïti, à Madagascar et en Chine.
La Fondation Mérieux mène à bien des projets concrets d'aide aux pays émergents, afin de contribuer à un développement durable : construction à Madagascar de salles de cours et d'un laboratoire pour des étudiants en pharmacie, mise en place d'un système d'approvisionnement en réactifs d'un laboratoire d'analyses médicales au Laos, soutien financier à des recherches scientifiques au Cambodge, création d'une formation pour des techniciens de laboratoire au Mali...
La Fondation Mérieux fait appel dans la mesure du possible à des partenaires publics et privés du pays dans lequel elle agit, afin d'inscrire ses réalisations dans le long terme. Le but étant que si la Fondation Merieux se retire un jour du pays, les structures mises en place restent pérennes.
Dans son action, l’équipe de la Fondation Mérieux bénéficie de l’appui d'un réseau international unique d'experts scientifiques (médecins, pharmaciens, chercheurs, spécialistes en infectiologie, vaccinologie, épidémiologie…)
La Fondation ne mène pas ses projets seule : elle s'entoure de nombreux partenaires privés – comme la Fondation Christophe et Rodolphe Mérieux – et publics comme les acteurs mondiaux du développement (ONGs, fondations), les autorités de santé internationales (OMS) et locales (ministères de la santé). La Fondation Mérieux inscrit ses actions dans une approche globale d'aide aux pays en développement dans le domaine de la santé publique.
La Fondation Mérieux respecte des principes de stricte transparence et poursuit des objectifs désintéressés. Elle est indépendante de tout intérêt industriel ou commercial
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